Jaminan terhadap kualitas pendidikan terus menjadi perhatian utama Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Kudus. Bukan sekedar jargon, hal itu dibuktikan melalui pengakuan lembaga eksternal yakni Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Belum lama ini, dua program studi (prodi) di lingkungan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Kudus memperoleh akreditasi Baik dari lembaga penjaminan mutu pendidikan tinggi tersebut. Berikut Dua prodi yang meraih predikat Baik :

1. Program Studi Perbankan Syariah

Program Sarjana (S-1) Perbankan Syariah, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Kudus berhasil mendapat Akreditasi Predikat "BAIK" berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT Nomor 8779/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2021. Raihan Predikat Akreditasi Baik ini merupakan capaian yang luar biasa, karena prodi ini menjadi satu-satunya program studi terakreditasi di Wilayah Eks-Karesidenan Pati. 

2. Program Studi Akuntansi Syariah

Program Sarjana (S-1) Akuntansi Syariah, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Kudus berhasil mendapat Akreditasi Predikat "BAIK" berdasarkan Surat Keputusan BAN-PT Nomor 9083/SK/BAN-PT/Akred/S/V/2021.