Pengembangan IAIN Kudus tidak terlepas dari ketentuan sejarah dua orang Sunan (Sunan Kudus dan Sunan Muria), sehingga latar belakang berdirinya IAIN Kudus di antaranya adalah untuk merespons sejarah Kudus yang penuh dengan nilai-nilai keislaman peninggalan Sunan Kudus dan Sunan Muria. Di samping itu, filosofi “Gusjigang” yang mengakar kuat pada budaya lokal kota Kudus menjadikan pengembangan ekonomi dan bisnis.

Berdirinya Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI) berawal dari didirikannya Prodi Ekonomi Islam sesuai dengan SK Direktur Jenderal Kelembagaan Islam Departemen Agama Nomor DJII/181/2002 tanggal 28 Juni 2002. Prodi Ekonomi Islam dimasukkan dalam Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam yang selanjutnya memiliki beberapa program studi, yaitu Ekonomi Syariah, Manajemen Bisnis Syariah, Manajemen Zakat dan Wakaf, Ahwal Al-Syakhshiyyah, Perbankan Syariah, Akuntansi Syariah, dan Hukum Ekonomi Syariah. Setelah alih status STAIN Kudus menjadi IAIN Kudus, maka Program Studi Syariah dan Ekonomi Islam dipecah menjadi 2 Fakultas yaitu, Fakultas Syariah dan Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI). Fakultas Syariah terdiri dari Prodi Ahwal Al-Syakhshiyyah dan Hukum Ekonomi Syariah. Sedangkan FEBI terdiri dari Prodi Ekonomi Syariah, Manajemen Bisnis Syariah, Manajemen Zakat dan Wakaf, Perbankan Syariah, dan Akuntansi Syariah.

Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (FEBI) IAIN Kudus merupakan pemekaran dari Jurusan Syariah dan Ekonomi Islam. Perubahan nomenklatur tersebut didasarkan atas peralihan status dari Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Kudus menjadi Institut Agama Islam Negeri Kudus pada tanggal 5 April 2018 berdasarkan Peraturan Presiden No 27 Tahun 2018. Pada saat ini Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam memayungi 5 program studi didalamnya yaitu Program Studi Manajemen Bisnis Syariah dengan tahun operasional 2011 dan status saat ini Baik Sekali, Program Studi Manajemen Zakat dan Wakaf dengan tahun operasional 2013 dan status saat ini Baik Sekali, Program Studi Ekonomi Syariah dengan tahun operasional 2013 dan status saat ini B, Program Studi Perbankan Syariah dengan tahun operasional 2016 dan status saat ini Baik dan Program Studi Akuntansi Syariah dengan tahun operasional 2016 dan status saat ini Baik.

Kondisi awal FEBI IAIN Kudus pada saat ini sebagai berikut:

1. Berupaya mewujudkan lembaga dengan tatakelola baik
2. Rasio tenaga pengajar dengan jumlah mahasiswa menuju mendekati ideal
3. Ketercukupan akan kualifikasi tenaga pengajar masih dalam rangka menuju ideal
4. Pendidik dan tenaga kependidikan adalah pegawai negeri sipil (PNS) dan non PNS
5. Tantangan mengelola input mahasiswa yang heterogen dalam mencapai kualifikasi bersaing di Asia Tenggara
6. Ketersediaan sarana dan prasarana dalam menuju ideal