Laboratorium memiliki fungsi yang penting dalam menunjang aktivitas belajar mengajar di perguruan tinggi. Mahasiswa dituntut tidak hanya mampu menguasai dan memahami teori yang diberikan oleh dosen namun juga mampu mengimplementasikan dan mengaplikasikan teori yang sudah diberikan. Oleh karena itu, fungsi laboratorium untuk mempraktekkan teori mempunyai posisi strategis untuk menghasilkan lulusan yang kompetitif.
IAIN Ponorogo memiliki 5 laboratorium yaitu Bank Syariah untuk prodi Perbankan Syariah, Laboratorium Kewirausahaan untuk prodi Manajemen Bisnis Syariah, Galeri Investasi untuk prodi Ekonomi Syariah, L-Ziswaf untuk prodi Manajemen Zakat Wakaf dan Lembaga Keagamaan diperuntukkan untuk mahasiwa semester 1 untuk memperdalam kajian agama dan tulis baca Alquran yang dilakukan setiap akhir pekan hari Sabtu dan Minggu.
Keberadaan 5 laboratorium di IAIN Ponorogo serupa dengan yang dimiliki FEBI IAIN Kudus. FEBI IAIN Kudus sendiri memiliki laboratorium Mini Bank untuk Prodi Perbankan Syariah, Laboratorium MBS untuk Prodi Manajemen Bisnis Syariah, Laboratorium Ziswaf untuk Prodi Manajemen Zakat dan Wakaf, Galeri Investasi Syariah untuk Prodi Ekonomi Syariah. Satu yang berbeda, yakni adanya Laboratorium Aksya untuk praktik Prodi Akuntansi Syariah. 
Di IAIN Ponorogo, Laboratorium Bank Syariah memberdayakan simpanan mahasiswa yang disetorkan saat mereka PBAK dan semasa berkuliah mahasiswa melakukan kegiatan pembiayaan. Bahkan sampai saat kunjungan, keuntungan yang diperoleh kurang lebih 150 juta. Bagi mahasiswa yang lulus nantinya dana simpanan akan dikembalikan secara utuh dan keuntungan akan diperoleh secara proporsional. Sementara laboratorium kewirausahaan FEBI Mart diberdayakan dengan menjual ATK dan mahasiswa dapat menitipkan barang dagangannya. Pengelola mendapat profit sharing dari keuntungan mahasiswa yang menitipkan dagangannya tersebut.
Galeri investasi di IAIN Ponorogo diberdayakan melalui dosen pengampu mata kuliah pasar modal, dalam hal ini dosen tersebut memang memiliki kompetensi dibidang trading di pasar modal dan mahasiswa diminta membuka account trading. Keuntungan maupun kerugian menjadi tanggung jawab masing masing mahasiswa. Selama menjalankan trading, transaksi terbesar hingga mencapai 6 miliar rupiah.
Adapun laboratorium L-Ziswaf memiliki beberapa program di antaranya infaq day dimana masing masing fakultas memiliki sukarelawan (total ada 20 mahasiswa) yang berkeliling di masing masing fakultasnya. Proses seleksi di setiap fakultas di bawah Wadek 3 dan masing masing fakultas ada 3 relawan. Total per minggu infaq day mendapatkan dana (fundraising) hingga 2-3 juta. Selain itu fundraising diperoleh melalui zakat dari para dosen dan pegawai IAIN Ponorogo. Dana yang terkumpul ini juga untuk membantu mahasiswa yang kurang mampu, khususnya mereka yang menjadi relawan. Program lainnya adalah pemberdayaan yaitu  menitipkan kambing ke penduduk setempat dan sewaktu Hari Raya Idul Adha, kambing tersebut dijual untuk dosen atau pegawai IAIN Ponorogo yang mau berqurban. Adapun penduduk yang merawat diberikan fee. Ada beberapa program lainnya misalnya mengumpulkan kertas yang sudah tidak dipakai lagi oleh dosen maupun pegawai untuk dijual dan hasilnya penjualan dimasukan ke L-Ziswaf.
Kunjungan laboratorium yang dilaksanakan di IAIN Ponorogo ini menjadi bekal untuk meningkatkan kualitas laboratorium FEBI IAIN Kudus. Dengan demikian, laboratorium di FEBI IAIN Kudus dapat memfasilitasi mahasiswa secara lebih maksimal.